天子宮ともいい、社伝によると、和銅6年(713年)に国司として肥後国に下向した道君首名(みちのきみおびとな)によって建立されたといわれます。当時疫病が流行したため小天に少彦名神・大名持命の2神を招き祈願を行ったところ、疫病は治まり人々も治癒したそうです。そこで首名は出雲大社を模して神社を造立したと伝えられます。
現在、小天宮では、毎年10月15日に行われる焚火の炭の上を素足で通る火渡の神事が有名ですが、これは首名が疫病治癒を願った時に火の中を歩いて無事だったという故事によるものです。